Bastarono pochi anni (dal 1817 al 1819) perché la diocesi di Milano entrasse in possesso dell'abbandonato convento domenicano. Una ristrutturazione accurata e nel 1839 le voci schiamazzanti di 234 seminaristi si ricollegarono a quelle più controllate dei novizi di S. Domenico di qualche secolo prima.
Le "Cinque Giornate" di Milano del 1848 hanno lasciato un segno doloroso anche nella vita del seminario di S. Pietro Martire. Per un anno il seminario fu chiuso e tutti i professori furono allontanati per ordine dell'Austria perché compromessi con il Governo Provvisorio delle Cinque Giornate.
Furono proprio i seminaristi teologi di Milano a costruire la più resistente delle barricate opposte alle truppe austriache utilizzando le panche della loro cappella e fu un seminarista, Giambattista Zaffaroni, a colpire a morte il primo soldato austriaco cui aveva strappato il fucile.
Furono ancora i seminaristi ambrosiani che nei giorni successivi rifocillarono i combattenti e costruirono i famosi palloni aerostatici (progettati dal chierico Antonio Stoppani) che permisero alla città assediata di comunicare con i paesi vicini.
In questo seminario studiarono ragazzi che poi divennero celebri:
Antonio Stoppani: frequentò il seminario dal 1839-1841. Ordinato sacerdote nel1848, morì a Milano nel 1891 essendo direttore del Museo Civico di Storia naturale;
Giovanni Mazzucconi: studente a S. Pietro Martire negli anni 1840-1844. Fattosi missionario nell'istituto PIME, morì martire e fu proclamato beato come sacerdote diocesano ambrosiano nel 1984 da Giovanni Paolo II;
Antonio Maria Ceriani: futuro prefetto dell'Ambrosiana; studioso apprezzato di lingue orientali e "maestro" di Achille Ratti (Pio XI);
Agostino Riboldi: sarà ordinato vescovo di Pavia nel 1877 e cardinale arcivescovo di Ravenna nel 1902;
Federico Sala: professore di teologia dogmatica nel 1864, il suo manuale di teologia venne usato come libro di testo nei seminari milanesi fino al 1926. Fu ordinato vescovo di Famagosta con l'incarico di ausiliare del santo card. Ferrari.
A questi si aggiungano: Achille Ratti, futuro papa Pio XI, Dalmazio Carlo Minoretti, arcivescovo cardinale di Genova nel 1925 e Eugenio Tosi, cardinale arcivescovo di Milano nel 1922. Nel 1930, essendo cardinale di Milano Idelfonso Schuster, il seminario accoglierà il maggior numero di seminaristi: 362!
Alla crescita vorticosa seguì un periodo di stasi e successivamente una profonda crisi. Il seminario di S. Pietro venne chiuso nel 1985 con la prospettiva di fare un restauro radicale e di dargli una nuova destinazione.