Subito dopo il fattaccio di sangue nel quale restò vittima Pietro da Verona e un suo compagno, sul luogo venne eretta una piccola cappella e un luogo per ospitare pellegrini e romiti diretti, attraverso Milano, alla volta di Roma e così non cadere nelle mani dei briganti. Il piccolo complesso era gestito dai frati Umiliati che si avviavano allo splendore e alla potenza grazie all'industria della lana. Quando questo Ordine venne soppresso da Roma, la chiesa e l'ospizio vennero gestiti dai Frati Domenicani, chiamati anche Frati Predicatori dal loro fondatore S. Domenico.
Al XVII secolo risale la completa trasformazione del convento. Ricchi benefattori locali assicurarono la bellezza architettonica del chiostro come lo vediamo ancora adesso: un quadrilatero di grandi dimensioni (circa 70 metri per lato) agganciato alla chiesa rielaborata in nuove forme.
Nel convento c'erano tutti gli ambienti necessari per la formazione di novizi che numerosi accorrevano in questo nuovo Ordine ormai diffuso in tutta Europa: il refettorio, lo "scaldatoio", la cucina, le sale da pranzo per i superiori e per i novizi, le celle, l'immancabile e fornitissima biblioteca, la farmacia che conteneva i preziosi medicinali fatti con erbe coltivate nel ricco orto.
Per disposizione di un facoltoso benefattore i medicinali dovevano essere donati gratuitamente ai poveracci dei paesi circostanti. La chiesa sorse con progetti di grandiosità, degna dell'Ordine e del Santo al quale era dedicata. Ma l'incompetenza delle maestranze provocò lo spezzarsi della catena di un arco e il cedimento di murature che fecero temere il crollo dell'intera costruzione.
Come in tutte le cose si arrivò al compromesso di una chiesa a pianta a croce greca con presbiterio allungato per la preghiera dei numerosi frati; la cupola assunse un profilo più umile e dei due campanili progettati per la facciata uno solo venne realizzato.
Nel 1798 il convento venne soppresso dai francesi della Repubblica Cisalpina e destinato a caserma per le truppe di passaggio in zona. I frati erano stati costretti a ritirarsi in una piccola parte del corpo sud del chiostro. Tutti i beni, divenuti proprietà statale, erano stati messi in vendita, ad esclusione della chiesa, del convento e degli orti circostanti affidati ad un privato.