Questa situazione d'indipendenza suscitò l'invidia dei coloni spagnoli e la rabbia dei Bandeirantes o Paulistas, i cacciatori di schiavi brasiliani, spingendoli a chiedere ai rispettivi regnanti di intervenire drasticamente. La richiesta fu presa in considerazione e puntualmente posta in essere nel 1767 con l'ordine di espulsione dei Gesuiti dai territori. Ciò fece si che tutto tornasse come prima, e cioè: gli indigeni al loro ancestrale tipo di vita nella selva ed i terreni delle Missioni nelle mani dei coloni che li trasformarono in fazendas gestite con manodopera a costo zero sfruttando gli stessi Indios ridotti in schiavitù. Qualcuno avrà difficoltà a credere che quei "selvaggi", sotto la direzione dei padri Gesuiti, abbiano saputo sviluppare così bene l'allevamento del bestiame, l'industria tessile, la produzione di strumenti musicali (violini, chitarre e quelli di uso locale) tanto da commerciare con Cile, Perù e Argentina in concorrenza con altri Paesi limitrofi. Anche sotto il profilo culturale, furono raggiunti risultati notevoli, nel campo della scrittura, per esempio, si inventò l'alfabeto della lingua Guarany, che permise la traduzione della Bibbia. Basti pensare, che a quel tempo, vennero stampati libri (con caratteri fabbricati in legno) in vere e proprie tipografie, e ciò accadde nel XVII secolo, 65 anni prima che a Cordova in Spagna, e 80 prima che a Buenos Aires, in Argentina.

Risultati di prestigio furono raggiunti nella scultura e nella musica, alcuni esempi del grado di abilità cui approdarono sono visibili dai reperti conservati nei musei delle Missioni, per esempio a Santa Rosa e S.Ignacio Guazu in Paraguay e a S.Ignacio Mini in Argentina. Potrà quindi stupire il fatto che tutto ciò sia scomparso in così breve tempo, eppure fu così. Oggi, a testimonianza ditale periodo storico, rimangono le imponenti vestigia delle Missioni che hanno resistito alle ingiurie del tempo e all'azione fagocitante della vegetazione. In molti casi si tratta di rovine dove occorre una buona immaginazione per ricostruire mentalmente ciò che fu, essendo state abbandonate per quasi due secoli all'avanzata della vegetazione tropicale. Tutto è stato inghiottito e avviluppato da una cortina verde dalla quale, di tanto in tanto, spunta un muro, una scala o l'impiantito di una casa. Dove invece non v'è bisogno di immaginazione è a S.Ignacio Mini e a Trinidad (Paraguay), dove i villaggi sembrano essere stati abitati sino a pochi anni fa.